从1941年起，太岳根据地进入极其严重的困难时期。长子县党组织为了坚持对敌斗争，克服严重困难，不断加强和发展党的组织。1939年底，全县党的组织已发展到5个区分委，100个基层党支部，党员达到1700余名。1939年12月开始，由于国民党发动了抗战以来第一次反共高潮，阎锡山在山西制造了反共、反进步的十二月事变，长子县各级党组织遭到了严重破坏，大批党的干部、党员被抓捕、屠杀。1940年4月起，太岳区党委重新组成长子县委，秘密潜入了长子县境，在日军频繁“扫荡”和国民党反动顽固势力的双重打击中，长子县委本着隐蔽精干和积蓄力量的精神，严格谨慎地开展了恢复和重建基层党的组织、考核恢复党员关系、发展新的党员等诸多工作。由于形势的险恶与环境的恶劣，党组织的恢复和发展较为缓慢。直到1942年初，全县党员也仅有350余名，较十二月事变前下降83.1%。1942年，随着大规模减租减息群众运动的开展，党的组织力量才步入了新的发展阶段。
为适应战时新的形势，1941年8月，太岳区设立太岳行署，原太岳专署第一办事处改称晋冀鲁豫边区第七专署（亦称太岳第一专署），辖沁县、屯留、漳西、襄南、长子5县。
太岳行署专员、县长会议根据“简政工作要实行并县、并区、并村”的精神，1942年3月23日将漳西县与襄南县合并为“襄漳县”。为便于管理，将1941年划入漳西县管理的长子县原第五区回归长子县管辖。长子县委、县抗日民主政府对该地区接管后，4月20日，对长子县区划进行调整，分别在碾张、平泉、苏村、壁村、西王坡设第一、第二、第三、第四、第五区和南漳路南办事处。长子县党组织属中共太岳第一地委领导。
为重点讨论研究全县党组织工作，1942年4月20日，县委在横水五眼沟召开会议。讨论一致认为：自1940年重新开辟党的组织以来，全县党的组织得到了较好的恢复，涌现出了小张、邵村、南韩、北李末等模范村基层党支部，这些支部在十二月事变后，能够团结群众，运用较好的策略打击敌人，一直坚持斗争且尚未暴露，在全县组织建设方面起到了模范带头作用。但也有存在的主要问题：某些区分委单纯片面追求恢复数量，使得一些投机分子、动机不纯者混入党内，出现了一些不起作用的党员和支部。另外，加上日军在县城、石哲、鲍店、草坊、宋村、南刘、张店、西范和崔庄等设立的9个据点的550余名日伪军和国民党政权对各村的骚扰破坏，给党的组织工作带来极大困难。为此，会议议定1942年全县党组织工作应以“在敌占区和游击区通过对敌斗争和群众运动来测定恢复、整理原有支部。在尚有两万人的根据地，则应大胆、大量地发展党员”为方针。根据这一方针，县委将全县党的组织工作分为找关系恢复支部、进行支部整顿、支部建设与发展党员同时进行。
5月上旬，县委在横水岭北麦王沟村召开大会，宣布成立了长子县妇女抗日救国会。共产党员朱泽任该会秘书。这是自1939年十二月事变后重新组建的长子县妇女抗日救国组织。
为应对国民党政府汉奸和特务的收买拉拢政策，5月15日，县委在横水五眼沟村召开有各区分委书记、区长和路南办事处党、政负责人参加的紧急会议。会议讨论、通报第二区游击分队副队长等2人因被国民党政府2个大汉奸收买拉拢，在5月13日带领30名游击队员叛变投敌的严重事件。参加会议人员进一步明确了对敌斗争的尖锐、复杂、残酷、严峻形势，认识到在一些领导干部中还存在着严重的官僚主义作风，尤其是对一些参加了几次战斗、消灭了几个敌人的领导干部、游击队员表现出的某种坏作风、坏习气姑息迁就，以致酿成大弊。第二区分委领导分别在会上作了深刻检讨。会议上，县委书记宋川要求：这次教训，不但第二区要记取，各区、办事处都要记取。党政负责人一定要脚踏实地，严格进行革命政治教育，深入做好思想政治工作，善于发现问题，将问题解决在萌芽阶段，以防微杜渐。县委组织部长连忠堂在会议结束时指出：事件发生在部队，但教训却不只是部队，我们的党组织恢复、党员发展工作更要以此为鉴，使党的组织真正成为政治坚强、阶级立场坚定、作风正派、能带领人民群众进行抗日和完成一切革命工作的堡垒。县委宣传部长郝宗武在讲话中也强调指出：我们面对的敌人是日本帝国主义和国民党中的反动顽固两大势力，决不能顾此失彼，在抗击日军的同时，在坚持抗日民族统一战线的原则下，对那些同日本侵略者合流，进行打击和破坏共产党组织、和共产党领导下的抗日武装和群众团体的反动顽固势力，要给予同日军一样的沉重打击。郝宗武还指出：敌人在通过汉奸、特务挖空心思瓦解我们的抗日力量，我们应以其人之道还治其人之身。在铲除汉奸、特务的同时，做好争取和分化瓦解敌人的工作。
县委为开辟县东南部国民党政府统治区的工作，5月下旬，抽调肖新成、郭智胜、赵进堂等数名干部到南漳村一带开辟工作，以发展这一地区党的组织和抗日政权。因该地区位于第五区和长（治）长（子）公路之南，故在肖新成等人进入该地区后，秘密成立了“五区路南办事处”，肖新成、郭智胜分别为办事处党、政负责人，为发展这一地区党的力量奠定了领导和组织基础。
全县党组织经过9个月的组织工作，到9月底，新恢复和发展党员52名，恢复与整顿党的支部8个。除对一些不纯分子和一些经不起考核的党员和支部与党组织断绝关系外，全县党的组织有5个区分委（包括1个办事处党委），39个党支部，33个独立党小组。共有党员407名，其中机关38名，农村369名。属中共太岳一地委领导。1943年3月改属中共太岳二地委领导。
政治学习是提高干部基本素养的前提。1942年6月，县委召集县、区两级党政主要领导和县党政机关各科室领导48人，在岭底村大庙进行了为期3天的政治学习，在学习党的纲领和党的思想、作风建设的基础上，结合第三区区长柴长厚在4月初为保护群众生命财产，率领区武装队伍深入敌占区同抢粮日伪军进行殊死斗争而光荣牺牲一事展开讨论。在讨论中，很多干部含泪发言，称柴长厚是一位名副其实的好党员、好干部，是一名无畏的抗日英雄，是我们学习的榜样。宋川在讲话中指出：“柴长厚同志能明知敌我力量悬殊，而勇往直上、临危不惧英勇献身，充分显示了一名党员、一名干部对党的无限忠诚和坚定信仰，对革命事业的无限忠诚和为保护人民群众利益的赤诚之心，堪为每一个干部、党员学习的楷模。”
为更好地开展对敌斗争，6月25日，县委根据太岳第一地委指示精神和区武装委员会的通知精神，成立了长子县武装委员会（简称武委会），任命郭守业为县武委会主任。
长子县委根据太岳区党委关于对敌开展秋季政治攻势的指示，于10月10日，向全县各级抗日组织发出通知，号召在同敌人开展军事斗争的同时，再通过散发传单、涂写标语、来往书信、对敌喊话等多种形式，向敌伪人员开展政治进攻，以争取敌伪人员弃暗投明、反正抗日。
通知发出后，在11月10日前后，金村、段家庄、宣家坪村的4户农家孩子，在家长的说服下，脱离了日伪警备队和国民党政府，反正抗日。其中，金村的姬守堂脱离伪警备队后，还设法动员上辛村、付庄村的黄进宏、李来盛2名警备队员脱离警备队，回到村里，当了民兵进行抗日斗争。
1943年1月，县委成立县农民救国会，并根据太岳区党委关于简政工作的指示精神，将成立的县农民救国会，与县青年救国会、妇女救国会合署办公，统称“长子县农青妇抗日救国联合会”。该组织在县委的领导下，广泛地宣传群众、发动群众、武装群众，开展抗日救国工作。
2月下旬，第一、第三区武委会成立。到2月底，第二、第四、第五区和路南办事处武委会组织也相继成立。
长子县委根据全县根据地、游击区、敌占区三种地区的不同情况，于6月28日制定出相应的组织工作方针。在抗日根据地，在佃农、贫雇农、积极革命的知识分子和进步的、政治上可靠的人员中间大量发展党员，进一步对党员开展教育，以提高党员的党性和觉悟。在游击区，在开展对敌斗争中，团结广大群众，整顿支部，加强党员教育，继续执行精干隐蔽政策，牢牢掌握对政权的领导。在敌占区，坚决执行隐蔽精干政策，整顿缩小支部，党员之间不发生横向关系，秘密清洗汉奸和异己分子。经组织批准，党员可打入伪组织内任职，以便更好地了解敌人，为抗日服务，也可通过交朋友等办法秘密组织灰色群众团体开展抗日工作。三种不同地区的组织工作方针的贯彻执行，调动了广大党员和群众的革命积极性，纯洁了党的组织，壮大了抗日力量。
县委根据日军不断对根据地“扫荡”“清乡”的严峻局势，为巩固和坚定党员革命信念和抗日意志，1943年8月1日，决定由张云成、常培德、署克（化名，真名张焕新）3人负责，在横水小坪头村分6批（每批5天）对农村党员集中培训。首批参训党员30余人。在集训期间，县委书记王逸飞、县长张呼晨先后到培训班作了“我军必胜，日军必败”“最后胜利一定属于我们的”的报告。通过培训，进一步增强了参训党员的革命意志和抗日决心。
为保证对敌斗争，实行一元化领导，8月8日，县委在横水小坪头村召开县委委员和区分委书记参加的县委扩大会议，重点对党的集体领导问题进行了讨论研究。参加会议的县、区两级党组织负责人在回顾过去工作中存在的问题时指出：“在过去的工作中，没有建立好真正的集体领导核心，步调不一致，行动不统一，上下联系不够，左右通气不足，各自为政。有些区委书记忽视集体领导，形成个人高于一切，包办一切，一元化成了一人化，分工成了分割，造成了工作之间的脱节。”为保证今后的集体领导分工负责制，会议通过研究制定了具体制度和方针，即“保证一元化领导的贯彻与执行，统一进行对敌斗争，具体开展分工负责，发挥布尔什维克的一元化的组织力量，真正做到党是无产阶级联合的最高形式。”根据这一方针，县委领导成员进行了党务分工：县委书记王逸飞除负责全面工作外还兼顾党群、团组织工作；组织部长连忠堂除兼任第五区区分委书记工作外，还兼顾第四区工作；宣传部长郝宗武负责领导第一、二区工作；县委委员、宣传部副部长李楠兼任第三区分委书记工作。
这次会议的召开，保证了党的一元化集体领导，有力地推动了县委各项工作的协调开展，也为下级党的组织起到了示范作用。