随着粉碎日军第二次九路围攻、反顽斗争的胜利和八路军、决死队与国民党、阎锡山旧军在晋东南划界驻防协议的达成，晋东南根据地改变了“前门抗虎，后门拒狼”的严重局面。境内的土匪、散兵游勇和反共顽固派武装势力基本肃清，根据地武装力量有了很大发展，政治觉悟和战斗力有了提高，党的各级组织和人民受到了锻炼和考验，群众有了进一步的发动，太行、太岳、冀南的联系也密切起来。加之，日军为了发动太平洋战争，从华北调走了部分兵力，山西各地呈现出相对稳定的局面，这些都为根据地的进一步巩固和建设事业的全面开展创造了有利条件。
1940年4月11日至26日，中共中央北方局在黎城县召开了高级干部会议（通称黎城会议）。会议提出了建党、建军、建政与积极打击敌人“囚笼政策”的任务，决定改太北军政委员会为太行军政委员会，统一领导太行、太岳、冀南3区党政工作，由邓小平任书记；决定成立冀南、太行、太岳行政联合办事处，以统一抗日根据地的政权、政策和政令。9月25日至10月上旬，北方局在武乡县再次召开高级干部会议，讨论黎城会议提出的三大建设问题。北方局的两次高干会议，确立了党的建设、政权建设、军队建设、农村统一建设、财政经济建设的方针和政策，指明了抗日根据地全面建设的正确方向和具体道路，推动了根据地各项事业的全面发展。
十二月事变时，长子县委书记宋洁涵率县委机关工作人员和县独立营两个连转移至屯留县吾元镇，并当即向太岳区党委就长子县的情况作了全面汇报，太岳区党委书记安子文、组织部长王一新（化名，原名张化波）听完汇报后对长子县工作提出了以下指示：（一）要准备作地下斗争，教育干部和党员，要稳定情绪，提高信心，继续收拢可能收拢回来的干部和将不能隐蔽的党员转移于屯留县。（二）带回屯留县的地方武装人员准备补充八路军主力队伍，要做好他们的思想工作。（三）继续了解敌情，并了解被捕人员的情况，以便进行营救。（四）宋洁涵化名石萍，准备回长子进行隐蔽斗争并要防止敌顽向屯留进攻。宋洁涵将区党委的指示首先在转入屯留县境内人员中进行了传达，随后召开了现有的县、区干部会议，在组织讨论后进行具体分工，分别去作准备补充八路军部队人员的思想工作和了解在长子县境内被捕人员的情况。
1940年2月，太岳区党委决定，长子县宋洁涵、张潮、何海瑞、李秀兰、时进等十名干部分别调往太岳区党委、屯留县、沁县等地工作。李楠、李绍勋、郭岗、张云成、于克、李林等干部也接区党委通知，到太岳区党校学习。所有独立营的全部武装人员编入了八路军第一二九师第三八六旅第七七二团部队。
2月16日，太岳第一地委组织部长高杨文、宣传部长宋洁涵，在屯留县召开由屯留县委原组织部长王艾文以及曾在长子县工作过的干部连忠堂等人参加的会议，高扬文代表太岳第一地委宣布成立中共长子县隐蔽县委，任命王艾文负责县委全面工作。高扬文、宋洁涵还代表地委布置了长子县委成立后的几项重点工作：（一）继续撤出尚在长子县境内而又不宜隐蔽的党员和干部。（二）谨慎地恢复党的农村基层组织并转入地下开展隐蔽工作。（三）收集枪支弹药，以便待机建立武装。（四）在日军占领与国民党统治的间隙区域逐步建立抗日政权。根据地委指示，长子县委为充分利用个人社会身份进行隐蔽工作，经研究决定：王艾文住在屯留县王贡庄村，负责开辟长子县第五区工作，由长子籍干部连忠堂、刘文焕带领李广和、常建功、孙存喜、范来盛等人组成地下工作队，利用长子籍的有利条件，于19日乘夜进入长子县境内开展地下活动。25日，地下工作队员孙存喜在进入长子县境北周村探听敌情时，被国民党县政府人员牛玉田带领的突击队抓捕，突击队以重刑逼问孙存喜受谁指使并让其供出共产党，孙存喜则坚贞不屈，为开辟长子县工作献出了年轻的生命。对此，地下工作队当即召开紧急会议，总结了一些队员急于求成的教训，决定采用先在党的组织力量较强、群众基础较好的村庄开展工作了解情况，而后逐渐向周围村延伸的办法开展工作。
2月29日夜，县委地下工作队，在北漳村党支部书记吴元眼家，召开由北李末、南李末、北漳、南漳、辛庄和东王家堡6村的支部领导人吴金堂、李广锁、吴平鲁、赵志万、卫耀福、吴元眼及党员积极分子赵金郎、卫根福19人参加的秘密会议（简称北漳会议）。县委武装委员连中堂首先听取各村汇报十二月事变后支部工作情况后，根据地委提示精神及本县在事变后的斗争形势，提出了隐蔽工作的几项任务：（一）整顿和恢复党的组织。（二）收集枪支弹药，动员会使用枪支的年轻党员组织起来对敌开展武装斗争，逐步建立抗日政权。（三）党支部设法掌握“维持会”(日军在各行政区域成立的为日军送情报、供给粮食、物资的服务组织)，使日军在各村成为聋子、瞎子。（四）对不能隐蔽的党员、抗日干部北撤至屯留县境内“长子干部留守处”外，其余则利用各种职业隐蔽下来坚持地下斗争。强调指出：今后党员和干部未经组织允许，不得加入日伪组织、出入日伪据点及参加各种伪顽训练。对已任伪职的党员要坚决与伪顽组织断绝关系。与会人员表示，一定要尽自己最大的努力，去完成党组织交给的任务。
太岳第一地委为加强长子县委的斗争力量，于６月初将长子县原干部李楠、张云成、陈明光、常建功等人从太岳区党校调回长子县。太岳第一地委主要领导要求他们回长子后，配合县委做好党组织的恢复，并结合恢复做好党组织的整顿工作。县委鉴于干部力量的扩大，即根据情况恢复建立了4个区分委，李楠、常建功、张云成、陈明光分别任第一、第二、第三、第四区区分委书记。与此同时，县委经三个月的工作，基本恢复了党的正常秩序和领导关系，对不能隐蔽的党员进行北撤，留下来的分配了工作任务，与一部分怕死、动摇的党员断绝了组织关系。先后恢复基层党的支部44个，（十二月事变前有支部102个），新建西旺、中郜2个农村支部，恢复党员组织关系482名（十二月事变前有党员1700名）。6月中旬，连忠堂同李广和、王艾文取得联系后，3人到屯留县北宋村向地委组织部长汇报了北漳会议以及长子县党组织恢复及日顽情况，地委组织部长高扬文听完汇报后指出：要继续做好党员、干部的思想工作，能隐蔽的尽可能以隐蔽为主而不要外撤。根据地委的指示，连忠堂向与熟悉长子党组织情况的陈明光等区委负责人传达了地委指示，为减少频繁的接触，建立了以北漳党支部开设的杂货铺和东王家堡村党员捐款开办的饧坊（糖稀）两个秘密交通站。到7月初，先后又恢复了南李村、熬泉、西郭、南刘、坝里、西寺头、河西、小郭、南鲍、庄头、西王内、谷村、小堡头、龙塘、大关、鲍村、南韩和布村18个村党支部的关系，并由隐蔽干部宋计则到龙塘控制煤矿区及做周边村的工作。与此同时，被关押在国民党长子县政府监狱中的党员也成立了以连成修为支部书记的狱中党的支部，帮助狱中党员准备“口供”，坚持开展对敌斗争。
中太岳第一地委于8月初，调宋川（河南人）到长子县担任县委书记，宋川在离开太岳区党校时，区党委领导指示他到长子后，一定要取得合法身份，要完全像一个“老百姓那样隐蔽在人民群众之中”。宋川根据地委指示，到长子县后秘密召集王艾文、连忠堂及区分委书记开会，宣布宋川为中共长子县委书记，王艾文为组织部长，李楠为宣传部长，连忠堂为武装部长。宋川在连忠堂等人帮助下，取得“良民证”（日军统治区维持会发的居民证件），并在草坊村同柴长厚合伙开办一座人工磨面坊作掩护进行工作，王艾文也以给地主扛“长工”的身份住在北李末吴金堂（党员）家中。8月18日，宋川因河南地方语音难改，被日、伪军警以共产党嫌疑押到县城日军“红部”，县委当即组织草坊、大刘群众出具证明，并疏通草坊等周边6村维持会长，向“红部”联保，加之通过打入敌内部人员出面证明宋川确系“良民”后才得以保释。此后，为便于工作和安全，县委将宋川迁居到远离日军据点的中郜村，让宋川沿用河南人挑货游商居多的习惯，挑起“货郎担”，走村串乡以卖货作掩护进行秘密工作。
1941年2月1日，第五区分委在鲍店镇秘密成立，县委任命李广和为第五区委书记。太岳区党委为便于领导和对敌斗争的需要，在屯（留）长（子）公路以东，长（治）长（子）公路以北地区建立了漳西县。长子县第五区即划归漳西县管辖，新成立的第五区委也随之归属漳西县委领导。2月下旬，宋川奉命调太岳第一地委工作，县委组织部长王艾文也奉调离开长子县，太岳第一地委指示，长子县委由武装部长连忠堂主持全面工作。
3月初，驻长子县日军在占领区实行殖民统治，在全县推行“治安强化运动”，将全县分为“治安区”（即敌占区）“准治安区”（即游击区）和“非治安区”（即根据地），并对三种不同区域分别采取不同形式的政治、军事进攻和经济掠夺方法，逼令敌占区和游击区村庄成立了在政治上、经济上对其进行维持的“维持会”，以达到其“治安强化”“以战养战”的目的。长子县委根据上述情况，组织人员深入到全县各村党支部，介绍和推广南李村党支部由党员担任“维持会”长，党支部掌握“维持会”，进行真抗日、假维持的经验。经过两个多月的工作，到4月底，先后有北李末、西郭、崇瓦张、南鲍等20多个村党支部不同程度地掌握和控制了村“维持会”，为敷衍应付日军，报送“无情报”和过时无用“情报”，送粮前预先通知八路军和地方武装在敌人接粮前完成“截劫”。
太岳第一地委为充实长子县委领导力量，7月底委任王云为长子县委书记，郑海（化名罗勉斋）为长子县委副书记。到11月初，太岳第一地委将王云调任他地工作，任命宋川再次到长子县担任县委书记。宋川接任后，将县委驻地由横水村迁至五眼沟村。
12月底，长子县委在五眼沟村召开县、区两级党组织负责人会议，总结自1940年县委重建以来全县党的组织工作。指出：两年隐蔽工作和斗争，基本完成了太岳区党委和太岳第—地委交给恢复、重建、整顿长子县各级党组织的工作任务。会议在肯定成绩的基础上，检讨了在党的组织建设与巩固中对党员教育不力，组织发展不快，组织工作消沉等倾向。总结出了组织工作的经验和教训：（一）党员教育是党建与党的巩固的中心环节。（二）在复杂的环境里发展组织首先要有较长时间的“灶外”教育。（三）要注意投机分子与奸细的混入。（四）质量好的党员与支部应起到带头作用。（五）必须提高支部的素质。同时，还提出全县各级党组织在新的一年里的中心任务是积蓄力量、恢复元气、发展经济、发展民运、巩固内部、实施精兵简政，团结一切力量，去争取更大的胜利。